Les biologistes distinguent plusieurs zones climatiques au Népal. Le découpage élaboré par Sharad Singh Negi (1991) fait état de six zones. Les limites de ces zones ne sont pas absolues. Elles se chevauchent et le passage de l'une à l'autre s'effectue graduellement. Ces limites diffèrent d'une région à l'autre notamment en fonction de la plus ou moins forte influence de la mousson.

La zone tropicale englobe les basses terres jusqu'à environ 300 mètres : c'est le domaine des savanes et des forêts pluviales d'acacia et de sal.
La zone subtropicale lui succédant s'étire jusqu'à environ 2 000 mètres. Les châtaigniers et les pins y sont abondants.

La zone tempérée basse couvre une bande comprise entre 1 700 et 2 700 mètres d'altitude selon les régions : chênes, noyers, bouleaux, érables et pins y prospèrent.
La zone tempérée haute s'étend de 2 400 à environ 4 000 mètres : les conifères (sapin, pin, cèdre, if) y côtoient les chênes et les rhododendrons arborescents dont certaines variétés peuvent atteindre vingt mètres de hauteur.

La zone subalpine couvre, dans certaines régions, les pentes entre 3 000 et 4 000 mètres. En climat sec, les conifères y poussent de plus en plus timidement jusqu'à la limite des arbres. En zones humides dominent le bambou et le rhododendron.
La zone alpine s'étire de 4 000 mètres jusqu'à la limite des neiges : y poussent de manière éparse, des fleurs sauvages capable de supporter des conditions extrêmes de température. Au-delà de cette zone, vers 5 500 mètres, le climat arctique règne en maître des lieux.

En raison des effets de la mousson, l'est du pays bénéficie d'une plus grande diversité d'espèces végétales que l'ouest.